Toute proche du château, en contre bas du village actuel, l'église de Saintines était probablement au Moyen Age au centre de l'agglomération. 
Aujourd'hui la vue plongeante que l'on obtient de la route principale nous permet de découvrir dans son entier cet édifice du XIIème siècle. 
L'église primitive du XIIe siècle ne comportait que la nef Saint-Denis, avec un chœur en cul-de-four, qui ne subsiste plus dans cette forme depuis son agrandissement du début du XIVe siècle. L'important flux de pèlerins attiré par la fontaine Saint Jean-Baptiste fut la raison de cet agrandissement et de l'adjonction de la seconde nef vers 1510, à l'emplacement d'un bas-côté du XIIe siècle, donnant l'impression de deux églises côte à côte. 
Le clocher s'élève sur la première travée du chœur de Saint-Denis, voûtée d'ogives, que deux chapiteaux permettent de dater autour de 1120. Ce serait l'une des voûtes les plus anciennes de ce type dans le Valois, avec Morienval.
L'église est inscrite monument historique par arrêté du 3 Novembre 1927.